Năm 1235, quân Mông Cổ bắt đầu một chiến dịch tàn phá một số vùng thuộc các tỉnh Khánh Thượng (Gyeongsang, 경상, 慶尙) và Toàn La (Jeolla, 전라, 全羅). Tuy nhiên, quân Mông Cổ vấp phải sự kháng cự mạnh mẽ của dân thường. Triều đình tại đảo Giang Hoa cũng cố gắng củng cố sức mạnh phòng thủ của các thành trì. Quân Cao Ly đã giành được nhiều chiến thắng quan trọng nhưng quân đội chính quy và lực lượng nghĩa binh (Uibyeong, 의병, 義兵) không thể chống đỡ nổi các cuộc tấn công dồn dập của quân Mông Cổ.

Sau khi thất bại trong việc đánh chiếm đảo Giang Hoa và các quan ải trên đất liền của Cao Ly, quân Mông Cổ bắt đầu đốt phá các cánh đồng trồng trọt nhằm gây ra nạn đói cho dân thường. Khi một số thành của Cao Ly cuối cùng phải đầu hàng, quân Mông Cổ cho xử tử ngay tất cả những ai đã từng chống lại họ.

Năm 1238, Cao Ly giảm sức kháng cự và xin nghị hòa. Quân Mông Cổ đồng ý rút lui, đổi lại Cao Ly phải đồng ý cử người trong vương tộc làm con tin. Tuy nhiên, Cao Ly đã gởi một thành viên không thuộc vương tộc. Tức giận, Mông Cổ đã yêu cầu cấm tàu thuyền của Cao Ly hoạt động trong các vùng biển, triều đình Cao Ly phải tái định đô trong đất liền, giao nộp các quan lại chống Mông Cổ và tiếp tục yêu cầu gởi con tin thuộc vương tộc. Đáp lại, Cao Ly chỉ phái một vị công nương có họ xa và 10 đứa trẻ thuộc vương tộc làm con tin, còn các yêu cầu khác đều từ chối.